История Главного военного клинического госпиталя им. Н.Н.Бурденко началась в 1706 году, когда Петр Великий издал указ об учреждении «Московской гошпитали» с тем, чтобы туда «принимаемы были всякого звания больные и убогие люди». Открытие этого первого в Москве лечебного учреждения считается началом создания в России не только системы государственного здравоохранения, но также отечественного медицинского образования и науки. Впервые в России здесь начала работать медицинская школа, появились операционные (в старину они витиевато именовались «покоями для чинения операций»), анатомический театр, госпиталь стал оказывать, например, психиатрическую и акушерскую помощь.
До учреждения этой первой русской больницы представители самых разных сословий обращались за медицинской помощью к знахарям. Иностранные медики не пользовались большим доверием даже при царском дворе, так что одной из задач, поставленных Петром I перед госпиталем, была подготовка врачей «из природных россиян». Причем выпускники Московской госпитальной школы по уровню полученных знаний вполне могли сравниться с теми, кто обучался в университетах Западной Европы. Первые выпускники покинули школу в 1712 году, и четверо из них сразу же были отправлены служить на Балтийский флот. Так зарождалась прославленная система российской военной медицины.
Основание госпиталя и его первые успехи связаны с именем Н.Л.Бидлоо, лейб-медика Петра I. К становлению же и дальнейшему развитию известного госпиталя имеют отношение многие прославленные российские ученые-медики. После Бидлоо госпиталь и школу возглавил Л.Л.Блюментрост, первый президент и автор проекта Российской академии наук. Здесь работал К.И.Щепин, которого за его достижения в медицине называли «предтечей Пирогова». Одна из его заслуг — начало преподавания медицины на русском языке. Особая страница истории госпиталя — борьба с эпидемией чумы 1770—1772 гг. в Москве. К.О.Ягельский, А.Ф.Шафонский, Г.М.Орреус, Д.С.Самойлович — вот имена тех врачей госпиталя, кто немало сделал для изучения особенностей этой болезни и разработки мер по ее лечению. Штаб-лекарь Главного госпиталя Д.С.Самойлович, например, первым в мире предложил делать прививки для борьбы с чумой. Достижения ординатора госпиталя А.И.Полунина, учителя Сеченова и Боткина, касались изучения холеры. На протяжении 10 лет пост ординатора в Главном госпитале занимал выдающийся хирург В.А.Басов, первым в России осуществивший там трахеотомию. В этих же стенах прославленный ученый Н.И.Пирогов обучал врачей оперировать под эфирным, бензиновым и хлороформным наркозом. История госпиталя связана также с именем известного хирурга Н.В.Склифосовского, в 1880—1893 гг. занимавшего пост консультанта-хирурга Главного госпиталя.
Свой след в истории госпиталя оставили, вероятно, все без исключения крупные войны, которые вела наша страна на протяжении 300 лет. Здесь спасали раненых в Бородинской битве, а после решения о сдаче Москвы почти всех сумели спешно эвакуировать. Занявшие Москву французы были под впечатлением от больницы, в которой лечили русских военных. «Большой военный госпиталь один из наилучше построенных, из самых обширных и самых прекрасных из всех, какие я когда-либо видел», — так описал его Д.Ж.Ларей, которого считают одним из основателей военно-полевой хирургии. Госпиталь принимал тысячи пострадавших в годы Русско-японской войны. Велика была нагрузка на работавших здесь врачей во время Первой мировой войны. 376 тысяч больных и раненых — столько прошло через госпиталь за несколько военных лет. Раненые стали поступать в военный госпиталь и с первых дней Великой Отечественной войны. Количество возвращавшихся в строй после лечения в этом военном госпитале составляло 82%.
Новая эпоха для основанного Петром I госпиталя началась после Октябрьской революции. При Первом коммунистическом красноармейском военном госпитале (так его стали называть с конца 1918 года) работала высшая медицинская школа, созданная для подготовки военных врачей Красной армии. Лучшие советские специалисты внедряют здесь самые современные способы лечения больных. В 1930-е годы врачи госпиталя начинают использовать метод переливания крови, применяют стрептоцид. М.М.Дитерихс создает знаменитую шину, названную его именем. Ее использование прошло проверку Великой Отечественной войной, а самое ценное — «шина Дитерихса» используется до сих пор. С 1934 по 1946 год консультантом-хирургом госпиталя был Н.Н.Бурденко. Этот выдающийся хирург, один из основоположников отечественной нейрохирургии, чье имя военный госпиталь носит до сих пор, с 1937 года и до конца войны был главным хирургом-констультантом Советской армии.
Первых пациентов построенный в Лефортове госпиталь принял 21 ноября 1707 года. К середине XVIII века в его стенах могла быть размещена тысяча больных. Сегодня в госпитале имени Бурденко ежегодно лечится больше 20 тысяч человек. Здесь проводится 9,5 тысяч операций в год. В госпитале насчитывается 130 специализированных лечебно-диагностических отделений и лабораторий. Он располагает даже летающей операционно-реанимационной лабораторией на борту самолета Ил-76. За старинными стенами — современное оборудование, необходимое для того, чтобы выполнять сложнейшие медицинские задачи, что позволяет госпиталю оставаться одним из лучших лечебных заведений России.